La dérive des continents a montré que l’Inde, l’Australie, l’Antarctique, Madagascar, le sud de l’Afrique et de l’Amérique étaient réunies en une terre appelée Gondwana.

A la fin de l’ère Tertiaire, il y a 150 millions d’années, cette terre s’est disloquée pour former les continents. Dès la période Quaternaire, Madagascar se trouvait à peu près à l’endroit où elle se situe actuellement.

Cette origine permet d’expliquer l’existence d’une faune et d’une flore communes à Madagascar et au sud des continents africain et américain ainsi que des profils géologiques très proches. Néanmoins, l’isolement de Madagascar au cours des temps géologiques a fait évoluer la faune et la flore de façon unique. On trouve donc sur la grande île des espèces particulières qui n’existent nulle part ailleurs (endémiques) dont les lémuriens sont un exemple célèbre. Du point de vue géologique, on retrouve dans la structure de la Grande Île toutes les périodes de l’histoire de la planète. Le point culminant de l’île est le Maromokotro dans le massif du Tsaratanana à 2 876 mètres d’altitude.

Du fait de son relief, Madagascar réunit une véritable mosaïque de paysages. L’île est faite de contrastes entre le bush du grand Sud, les forêts humides de l’est, les hauts plateaux granitiques du centre, parfois surmontés de massifs volcaniques et les savanes des collines sédimentaires de l’ouest.